ولایت بر قبور در ولایی‌ترین حکومت تاریخ محل دفن مرحوم آیت‌الله منتظری که در جنب مقبره فرزندش محمد در حرم حضرت معصومه علیها‌السلام در قم قرار دارد با اجازه و توصیه رهبر جمهوری‌اسلامی انتخاب و صورت گرفت. شیخ‌ابوالقاسم خزعلی این اجازه و توصیه آقای خامنه‌ای را نشان از هوشیاری او می‌دانست، چراکه معتقد بود آقای منتظری هر جای دیگر دفن می‌شد، مریدانش برای او گنبد و بارگاه ساخته و محلی برای فتنه‌گری می‌شد. چند سالی قبل از آن نیز اعلام شد که پیکر مرحوم یدالله سحابی علی‌رغم وصیت آن مرحوم تنها بعد از اجازه مخصوص مقام رهبری در صحن امامزاده عبدالله شهرری دفن شد. آذری‌قمی نیز با اشاره و تأییدات ولی‌فقیه در صحن حرم به خاک سپرده شد. بدون تردید در مسئله‌ی اختیارات رهبری در آرامگاه‌ها و محل دفن خواص، شواهد دیگری نیز می‌توان یافت. به قول محسن کدیور که نوشت: اینکه سالها درباره ابعاد مختلف قلمرو ولایت مطلقه فقیه مطالعه کرده‌ام، اما اقرار می‌کنم به این حوزه از قلمرو ولایت مطلقه توجه نکرده بودم، حوزه‌ «ولایت بر قبور»!!! نتیجه سخن اینکه گویی بر اساس نظریه ولایت انتصابی مطلقه فقیه، رهبر به عنوان ولی‌فقیه نه تنها بر حیات که بر ممات رعیت و نه تنها بر خانه دنیوی که بر آرامگاه اخروی ملت و نه تنها بر منزل زندگان که بر قبر مردگان و درگذشتگان نیز ولایت دارد. اینکه چه کسی کجا دفن شود و کدام قبر به کدام میت می‌رسد، همانند هرآنچه به دنیا و آخرت مردم بستگی دارد، از اختیارات ولی‌فقیه بوده و این است شرایط حیات و ممات در ولایی‌ترین حکومت تاریخ!!!