هر چند علی یونسی همچنان از موضع خود درباره نماد شیر و خورشید دفاع می‌کند، اما صحبت‌های چندی پیش وی در جمع یهودیان شیراز و طرح این مبحث موجب شکل‌گیری حاشیه‌های متعدد و انتقادات بسیاری نسبت به این مواضع دستیار ویژه رئیس‌جمهور شد. در همین زمینه برخی رسانه‌ها سخنان امام خمینی(ره) بنیانگذار کبیر انقلاب اسلامی در تاریخ ۱۰ اسفند ۵۷ در فیضیه را بازخوانی کردند که در این سخنرانی امام به صراحت با این نمادهای شاهنشاهی مخالفت ورزیده و آنها را آثار طاغوت عنوان می‌کنند. امام در این زمینه می‌فرمایند: «بیرق ایران نباید بیرق شاهنشاهی باشد، آرم‌های ایران نباید آرم‌های شاهنشاهی باشد؛ باید آرم‌های اسلامی باشد. از همۀ وزارتخانه‌‏ها، از همۀ ادارات، باید این "شیر و خورشید" منحوس قطع بشود؛ عَلَم اسلام باید باشد. آثار طاغوت باید برود. اینها آثار طاغوت است؛ این تاج آثار طاغوت است؛ آثار اسلام باید باشد.»