باسمه تعالی؛ علیکم السلام: علّت تبعید ملاصدرا را بیشتر باید با شواهد تاریخی که خیلی هم روشن نیست به‌دست بیاوریم و این‌که بالاخره مستشرقین غربی که در دربار شاه‌عباس رفت و آمد فعال داشتند می‌توانستد انسان‌های سطحی را در لباس اهل علم تحریک کنند و بهانه‌ای بتراشند و خلاف میل شیخ بهایی و میرداماد و میرفندرسکی بر ضد ملاصدرا جو سازی کنند و شاه را که بالاخره نان را به نرخ روز می‌خورد تحریک نمایند تا او را تبعید نکند. ملاصدرا معاد را جسمانی می‌دانست ولی معتقد به جسم مثالی است نه جسم مادی که به تعبیر علامه طباطبایی (ره) آن جسم همچون نفس زنده و بیدار است. او را متهم کردند که به معاد جسمانی معتقد نیست در حالی که او از همه بهتر به معاد جسمانی معتقد است و به گفته‌ی حضرت امام خمینی(ره) ملاصدرا مسائلی از معاد را حل کرد که شیخ‌الرئیس نتوانست حل کند. ولی در مورد تقلید از فقیه در امور احکام عملیه و یا در رابطه با رجعت عقیده‌اش همان عقیده‌ای است که شیعه از طریق روایات اهل‌البیت علیهم‌السلام متوجه آن‌ها شده‌است. در مورد نقش مستشرقین در دربار شاه‌عباس و تشابه نظر اخباریون در سطحی نگاه‌کردن به دین با نظر فلسفه‌ی حسی غرب و تضاد آن ها با تفکّر ملاصدرا می‌توانید به کتاب «سلوک ذیل شخصیت امام خمینی» رجوع کنید. موفق باشید.