قرآن ما را به تفکر دعوت فرموده و می‌فرماید در قرآن تدبّر کنید، لازمه‌ی آن‌که انسان بخواهد در قرآن تدبّر کند خوب‌فکرکردن است و طبیعی است وقتی شما خوب فکر کنید با سایر متفکران تاریخ یک نحوه همفکری پیدا می‌کنید و با فکر منظمی که آن‌ها دارند احساس قرابت می‌نمایید و از افکار آن‌ها استفاده می‌نمایید، این ربطی به تفکر فلسفی ندارد که یک نوع از انواع تفکر است بلکه همین‌که اهل فکر باشید می‌فهمید حقایق مجرد دارای جامعیت‌اند و اگر کسی این فهم خود را به این صورت ارائه داد که «بسیط الحقیقه کُلُّ الأشیاء و لیس بشیء منها» می‌فهمید که چه می‌گوید. آری علامه‌ی طباطبایی«رحمة‌الله‌علیه» از این جهت با متفکر بزرگی مثل ملاصدرا هم‌فکر است و علامه با این فکر وارد قرآن می‌شود و بهره‌های فراوانی از قرآن می‌گیرد ولی از آن‌جایی که فلسفه را می‌شناسد و محدودیت‌های آن را نسبت به حقیقت اشراقیِ وحی می‌داند مواظب است با نگاه فلسفی به قرآن و روایات ننگرد هرچند در بعضی موارد شواهدی فلسفی در رابطه با آیات و روایات می‌آورد تا معلوم شود آن موضوع در نگاه فلسفی که - برای افراد قابل لمس‌تر است- نیز مطرح بوده است.